Módulo 3 | Exercícios

1 Exercicio manipulação de dados - Hypoxia

1.1 Contexto

Este é um estudo sobre a pressão arterial média intraoperatória em pacientes com apneia obstrutiva do sono submetidos a procedimentos cirúrgicos de perda de peso (bariátrica). Os participantes são 281 pacientes adultos diagnosticados com apneia obstrutiva do sono nos dois anos anteriores à sua cirurgia bariátrica. Além da pressão arterial média, o conjunto de dados inclui informações sobre demografia, status de oxigênio noturno, comorbidades, tipo e duração da cirurgia, vasopressores e frequência cardíaca. Os dados foram limpos e contêm alguns dados ausentes. Não há outliers ou problemas de dados.¹

1.2 Tarefas

Os exercícios deste módulo abragem os seguintes temas:

1. Data Importation
2. Data Cleaning
3. Data Manipulation

Para elaborar estes exercícios são necessários dois ficheiros adicionais no formato ”.csv”.

Existem seções deste documento de avaliação do mesmo que não devem ser alteradas - Estão marcadas em secção própria.

Devo ser submetido o HTML resultante do render deste documento.

1.2.1 Setup

rm(list = ls(all.names = TRUE)) 
# Packages
required_packages <- c(
                       "assertr",
                       "data.validator",
                       "janitor",
                       "tidyverse",
                       "rio"
                       # colocar aqui se foram utilizados mais pacotes
                       )      

for (pkg in required_packages) {
  # install packages if not already present
  if (!pkg %in% rownames(installed.packages())) {
    install.packages(pkg)
  }
  
  # load packages to this current session 
  library(pkg, character.only = TRUE)
}
remove(required_packages)
remove(pkg)

1.3 Exercicio M3.1

Importar o ficheiro hipoxia disponível na pasta datasets para um objeto chamado hypoxia.

hypoxia <- import("datasets/hypoxia/hypoxia.csv")

1.4 Exercício M3.2

Criar um novo objeto com o nome hypoxia_clean em que se fez a limpeza as variáveis tendo em contas as boas práticas.

hypoxia_clean <- hypoxia |> 
  clean_names()

1.5 Exercício M3.3

Criar um novo objeto com o nome hypoxia_adult em que: - Existem apenas mulheres com idade superior a 25 e inferior 65 anos - Há apenas as variáveis idade, raça, female, bmi, sleeptime, min_sao2 e ahi

hypoxia_adult <- hypoxia_clean |>
  filter(age>=25 & age <=65 & female==1) |> 
  select(
    age,
    race,
    female,
    bmi,
    sleeptime,
    min_sao2,
    ahi
  )
  
hypoxia_adult

     age race female  bmi sleeptime min_sao2 ahi
1   29.9    2      1 44.5       0.9     90.0   1
2   52.2    2      1 40.6       0.0     94.0   3
3   37.3    1      1 61.7       1.9     76.0   1
4   52.2    2      1 40.2      17.0     52.0   4
5   26.7    2      1 57.6       0.0     95.0   3
6   54.6    2      1 36.0      13.0     51.0   3
7   54.0    2      1 39.2       0.5     86.0   2
8   53.2    2      1 54.7      18.4     56.0   3
9   47.4    1      1 43.9       3.0     85.0   1
10  48.2    2      1 42.6       0.0     90.0   2
11  60.8    2      1 44.5      57.2     69.0   3
12  47.3    2      1 36.0       4.7     85.0   2
13  48.4    2      1 43.6      26.9     77.0   3
14  46.7    2      1 42.5       0.8     81.0   1
15  38.3    2      1 41.8       1.7     86.0   4
16  37.0    2      1 51.1       1.8     82.0   2
17  40.4    2      1 31.5       0.0     90.6   3
18  44.0    2      1 65.4       8.1     86.0   4
19  43.5    1      1 53.0      75.0     62.0   4
20  46.9    2      1 42.9       4.4     87.0   2
21  31.0    2      1 40.9       0.1     90.0   1
22  57.6    1      1 46.2       0.3     86.0   2
23  53.0    2      1 34.8      40.3     86.0   2
24  44.3    2      1 54.7       0.5     87.0   2
25  35.9    2      1 41.7       3.2     85.0   1
26  32.7    2      1 43.6       0.0     90.0   1
27  33.9    2      1 52.0       0.4     88.0   1
28  38.1    2      1 45.3      20.2     84.0   3
29  44.6    2      1 64.3       1.4     79.0   1
30  57.9    2      1 51.3      70.3     62.0   4
31  59.0    2      1 37.5       8.3     83.0   4
32  48.2    2      1 53.1      42.0     28.0   4
33  52.5    1      1 43.8       0.7     90.0   4
34  29.8    2      1 57.4      50.7     72.0   2
35  53.6    2      1 36.8       2.6     86.0   1
36  44.3    2      1 46.5       1.3     87.0   2
37  49.4    2      1 34.3       0.5     89.0   3
38  40.6    2      1 51.7      63.7     72.2   4
39  36.0    2      1 41.6       1.8     75.0   2
40  44.4    2      1 38.4       4.4     77.0   3
41  51.2    2      1 40.9       6.2     86.0   1
42  53.5    2      1 23.4       0.1     89.0   1
43  56.4    2      1 55.8      77.1     55.0   4
44  45.8    2      1 50.3       7.3     80.0   4
45  28.6    1      1 31.3       0.0     91.0   2
46  34.5    2      1 69.3      65.0     72.0   3
47  47.2    2      1 51.0      70.7     77.0   2
48  49.2    2      1 40.9       0.3     88.0   1
49  34.8    1      1 71.7      36.0     81.0   2
50  34.2    2      1 48.3       5.6     84.0   1
51  49.2    2      1 48.5      12.6     83.0   4
52  47.2    1      1 62.3      25.0     56.0   4
53  52.0    2      1 52.4       1.1     84.0   3
54  55.0    2      1 54.5      57.1     66.0   4
55  52.1    2      1 52.9       6.7     71.0   3
56  60.0    2      1 43.4       2.7     82.0   3
57  46.9    2      1 64.2      39.6     64.0   3
58  44.0    2      1 53.1       2.0     85.0   3
59  50.0    2      1 48.4       0.2     85.0   3
60  52.5    2      1 49.2      59.2     62.0  NA
61  52.9    2      1 43.3      70.0     59.0   4
62  38.8    2      1 49.2      67.6     61.0   2
63  26.6    2      1 47.3       0.0     92.0   1
64  50.3    2      1 52.3      23.2     88.0   1
65  54.3    2      1 51.8      31.5     79.0   4
66  30.9    2      1 51.8       7.3     84.0   4
67  45.6    3      1 58.8       3.0     86.0   2
68  36.8    2      1 53.9      93.5     86.0   2
69  48.9    2      1 46.9       3.5     85.0   3
70  38.3    2      1 50.1      10.1     87.0   3
71  44.6    2      1 45.0       0.3     85.0   1
72  48.9    2      1 52.9       7.5     84.0   2
73  38.4    2      1 47.0      15.4     86.0   4
74  47.9    2      1 48.4       9.0     75.0   3
75  42.9    2      1 44.8       0.2     88.0   2
76  50.6    1      1 45.4       0.3     87.0   2
77  38.6    2      1 55.7       4.2     84.0   4
78  51.4    2      1 54.3      13.3     71.0   2
79  55.3    2      1 41.3      46.5     76.0   3
80  47.4    1      1 52.2       0.0     91.0   1
81  42.2    2      1 48.2      86.6     55.0   4
82  42.6    2      1 36.4       0.4     88.0   3
83  56.1    2      1 38.8      10.0     74.0   4
84  58.8    2      1 45.8       6.1     74.0   4
85  32.6    2      1 47.9       8.8     86.0  NA
86  51.2    2      1 32.2      38.1     82.0   2
87  41.9    1      1 38.1      23.9     84.0   2
88  51.4    2      1 44.6      24.8     64.0   4
89  55.5    2      1 46.0       0.0     90.0   1
90  48.8    2      1 44.5      24.4     68.0   4
91  57.5    2      1 43.5       0.4     88.0   2
92  50.3    1      1 42.2       2.6     85.0   1
93  62.9    2      1 38.3      40.9     77.0   4
94  27.2    1      1 65.1       8.7     86.0   4
95  60.8    1      1 47.7      14.0     83.0   2
96  46.0    1      1 42.1       0.1     90.0   2
97  62.0    2      1 44.4      39.0     66.0   4
98  29.0    2      1 43.9       1.1     81.0   2
99  52.9    2      1 47.0      39.2     60.0   4
100 50.5    2      1 46.4       5.0     81.0   3
101 51.6    2      1 45.4      12.5     85.0   4
102 43.1    2      1 52.1       5.2     77.0   2
103 56.8    3      1 56.8       6.3     77.0   3
104 42.1    3      1 47.7       0.0     91.0   3
105 53.1    2      1 44.1      57.4     63.0   4
106 52.6    2      1 44.4      18.8     80.0   4
107 47.0    2      1 41.3       0.0     91.0   1
108 36.3    2      1 55.4       0.0     90.0   1
109 44.9    2      1 44.0       0.0     90.0   2
110 53.1    1      1 49.5       6.3     74.0  NA
111 61.2    2      1 46.6       6.7     85.0   2
112 46.2    1      1 47.4       0.0     95.0   2
113 34.8    2      1 43.9       0.3     86.0   3
114 39.5    2      1 52.9      18.1     73.0   3
115 48.1    2      1 36.1       0.0     91.0   1
116 47.5    2      1 42.7       1.9     81.0   2
117 34.4    2      1 42.0      32.2     87.0   3
118 31.1    2      1 56.0       6.8     81.0   3
119 37.8    2      1 37.6       0.3     87.0   3
120 53.4    1      1 44.6       0.5     89.0   1
121 41.9    2      1 47.3       3.5     82.0   3
122 33.1    2      1 42.5       0.0     93.0   1
123 61.2    2      1 41.5       8.3     73.0   4
124 59.1    2      1 46.8       9.4     74.0   3
125 41.1    2      1 41.6       1.3     75.0   3
126 40.2    2      1 44.8       0.0     91.0   2
127 56.3    2      1 42.9      16.1     81.0   4
128 32.5    3      1 39.8      46.0     82.0   1
129 55.5    3      1 36.9       1.5     85.0   2
130 44.4    2      1 53.8      37.2     83.0   4
131 58.1    1      1 37.4       1.0     74.0   2
132 58.3    2      1 42.2      16.7     83.0   2
133 61.6    2      1 37.2      17.8     64.0   4
134 51.3    1      1 45.4       1.4     88.0   3
135 53.1    2      1 45.4       3.9     73.0   2
136 47.9    1      1 33.1       3.0     76.0   3
137 28.3    1      1 56.1       0.0     91.0   2
138 59.5    2      1 34.0      12.4     84.0   3
139 32.8    2      1 46.4       0.3     84.0   1
140 56.3    1      1 49.1       4.7     80.0   3
141 60.8    2      1 52.6      18.7     85.0   4
142 40.4    2      1 53.5      28.1     58.0   4
143 28.4    2      1 51.2       0.3     88.0   2
144 40.1    1      1 39.7      14.4     77.0   3
145 37.6    1      1 50.2       0.5     87.0   1
146 41.0    2      1 45.1       3.1     90.0   2
147 34.3    1      1 50.4       0.0     91.0   3
148 37.7    1      1 48.8       5.0     85.0   4
149 44.8    2      1 37.2       6.0     88.0   1
150 47.3    1      1 48.2      72.6     68.0   4
151 42.5    2      1 57.5       2.7     86.0   4
152 49.3    2      1 35.9       1.4     84.0   2
153 64.8    1      1 48.2       3.4     68.0   2
154 29.6    2      1 50.0       0.6     85.0   2
155 57.3    2      1 60.1      32.8     69.0   4
156 34.5    2      1 40.2       2.4     85.0   2
157 43.4    2      1 38.4       4.5     77.0   2
158 30.8    2      1 52.8       0.4     88.0   3
159 48.9    2      1 58.6      99.6     50.0   3
160 52.7    2      1 40.5       2.2     86.0   2
161 33.9    1      1 48.2       3.0     89.0   3
162 52.9    2      1 58.1       5.4     70.0   4
163 41.8    1      1 44.9       5.2     75.0   2
164 53.7    2      1 52.5      55.0     61.0   4
165 44.9    3      1 49.4      11.8     87.0   1
166 53.5    2      1 35.8       9.2     78.0   4
167 56.0    2      1 37.6      31.5     82.0   2
168 49.1    1      1 50.2      19.9     77.0   4
169 50.6    1      1 49.9       1.1     79.0   2
170 53.8    2      1 38.9       0.5     88.0   2
171 63.1    2      1 48.3      91.0     81.0   2
172 28.3    2      1 50.6       0.3     87.0   3
173 64.4    2      1 40.0       9.1     76.0   4
174 39.3    2      1 39.4       0.0     91.0   3
175 39.5    2      1 50.6       1.6     81.0   3
176 48.6    2      1 39.8       2.1     83.0   4
177 52.2    1      1 44.2       6.5     77.0   3
178 46.3    2      1 37.4       0.7     89.0   3
179 60.3    2      1 39.8      38.3     72.0   2
180 54.0    2      1 34.9      17.7     81.0   2
181 40.1    2      1 42.3      42.0     84.0   4
182 50.2    1      1 45.0       0.9     85.0   2
183 39.0    2      1 47.3       0.8     84.0   3
184 56.9    2      1 56.8      11.5     83.0   1
185 59.9    2      1 51.7      15.0     81.0   2
186 49.0    1      1 49.2      11.0     66.0   4
187 56.5    1      1 65.3      63.4     51.0   4
188 33.6    2      1 57.7       2.2     81.0   2
189 32.6    1      1 48.6       3.8     86.0   2
190 28.4    2      1 54.3       0.7     86.0   2

1.6 Exercício M3.4

Criar um novo objeto hypoxia_adult2 com uma nova variável no dataset hypoxia_adult com o nome min_sao_class com a seguinte codificação baseada na variável min_sao2:

1. 98-100 - Normal
2. 95-97 - Insuficiente
3. 94-90 - Hipóxia Ligeira
4. 80-89 - Hipóxia Moderada
5. <79 - Hipóxia Grave

hypoxia_adult2 <- hypoxia_adult |>
  mutate(
    min_sao_class=case_when(
        min_sao2<80 ~ "Hipóxia Grave",
        min_sao2>=80  & min_sao2 <90~ "Hipóxia Moderada",
        min_sao2>=90 & min_sao2 <95 ~ "Hipóxia Ligeira",
        min_sao2>=95 & min_sao2 <98 ~ "Insuficiente",
        min_sao2>=98 ~ "Normal",
      )
  )

hypoxia_adult2

     age race female  bmi sleeptime min_sao2 ahi    min_sao_class
1   29.9    2      1 44.5       0.9     90.0   1  Hipóxia Ligeira
2   52.2    2      1 40.6       0.0     94.0   3  Hipóxia Ligeira
3   37.3    1      1 61.7       1.9     76.0   1    Hipóxia Grave
4   52.2    2      1 40.2      17.0     52.0   4    Hipóxia Grave
5   26.7    2      1 57.6       0.0     95.0   3     Insuficiente
6   54.6    2      1 36.0      13.0     51.0   3    Hipóxia Grave
7   54.0    2      1 39.2       0.5     86.0   2 Hipóxia Moderada
8   53.2    2      1 54.7      18.4     56.0   3    Hipóxia Grave
9   47.4    1      1 43.9       3.0     85.0   1 Hipóxia Moderada
10  48.2    2      1 42.6       0.0     90.0   2  Hipóxia Ligeira
11  60.8    2      1 44.5      57.2     69.0   3    Hipóxia Grave
12  47.3    2      1 36.0       4.7     85.0   2 Hipóxia Moderada
13  48.4    2      1 43.6      26.9     77.0   3    Hipóxia Grave
14  46.7    2      1 42.5       0.8     81.0   1 Hipóxia Moderada
15  38.3    2      1 41.8       1.7     86.0   4 Hipóxia Moderada
16  37.0    2      1 51.1       1.8     82.0   2 Hipóxia Moderada
17  40.4    2      1 31.5       0.0     90.6   3  Hipóxia Ligeira
18  44.0    2      1 65.4       8.1     86.0   4 Hipóxia Moderada
19  43.5    1      1 53.0      75.0     62.0   4    Hipóxia Grave
20  46.9    2      1 42.9       4.4     87.0   2 Hipóxia Moderada
21  31.0    2      1 40.9       0.1     90.0   1  Hipóxia Ligeira
22  57.6    1      1 46.2       0.3     86.0   2 Hipóxia Moderada
23  53.0    2      1 34.8      40.3     86.0   2 Hipóxia Moderada
24  44.3    2      1 54.7       0.5     87.0   2 Hipóxia Moderada
25  35.9    2      1 41.7       3.2     85.0   1 Hipóxia Moderada
26  32.7    2      1 43.6       0.0     90.0   1  Hipóxia Ligeira
27  33.9    2      1 52.0       0.4     88.0   1 Hipóxia Moderada
28  38.1    2      1 45.3      20.2     84.0   3 Hipóxia Moderada
29  44.6    2      1 64.3       1.4     79.0   1    Hipóxia Grave
30  57.9    2      1 51.3      70.3     62.0   4    Hipóxia Grave
31  59.0    2      1 37.5       8.3     83.0   4 Hipóxia Moderada
32  48.2    2      1 53.1      42.0     28.0   4    Hipóxia Grave
33  52.5    1      1 43.8       0.7     90.0   4  Hipóxia Ligeira
34  29.8    2      1 57.4      50.7     72.0   2    Hipóxia Grave
35  53.6    2      1 36.8       2.6     86.0   1 Hipóxia Moderada
36  44.3    2      1 46.5       1.3     87.0   2 Hipóxia Moderada
37  49.4    2      1 34.3       0.5     89.0   3 Hipóxia Moderada
38  40.6    2      1 51.7      63.7     72.2   4    Hipóxia Grave
39  36.0    2      1 41.6       1.8     75.0   2    Hipóxia Grave
40  44.4    2      1 38.4       4.4     77.0   3    Hipóxia Grave
41  51.2    2      1 40.9       6.2     86.0   1 Hipóxia Moderada
42  53.5    2      1 23.4       0.1     89.0   1 Hipóxia Moderada
43  56.4    2      1 55.8      77.1     55.0   4    Hipóxia Grave
44  45.8    2      1 50.3       7.3     80.0   4 Hipóxia Moderada
45  28.6    1      1 31.3       0.0     91.0   2  Hipóxia Ligeira
46  34.5    2      1 69.3      65.0     72.0   3    Hipóxia Grave
47  47.2    2      1 51.0      70.7     77.0   2    Hipóxia Grave
48  49.2    2      1 40.9       0.3     88.0   1 Hipóxia Moderada
49  34.8    1      1 71.7      36.0     81.0   2 Hipóxia Moderada
50  34.2    2      1 48.3       5.6     84.0   1 Hipóxia Moderada
51  49.2    2      1 48.5      12.6     83.0   4 Hipóxia Moderada
52  47.2    1      1 62.3      25.0     56.0   4    Hipóxia Grave
53  52.0    2      1 52.4       1.1     84.0   3 Hipóxia Moderada
54  55.0    2      1 54.5      57.1     66.0   4    Hipóxia Grave
55  52.1    2      1 52.9       6.7     71.0   3    Hipóxia Grave
56  60.0    2      1 43.4       2.7     82.0   3 Hipóxia Moderada
57  46.9    2      1 64.2      39.6     64.0   3    Hipóxia Grave
58  44.0    2      1 53.1       2.0     85.0   3 Hipóxia Moderada
59  50.0    2      1 48.4       0.2     85.0   3 Hipóxia Moderada
60  52.5    2      1 49.2      59.2     62.0  NA    Hipóxia Grave
61  52.9    2      1 43.3      70.0     59.0   4    Hipóxia Grave
62  38.8    2      1 49.2      67.6     61.0   2    Hipóxia Grave
63  26.6    2      1 47.3       0.0     92.0   1  Hipóxia Ligeira
64  50.3    2      1 52.3      23.2     88.0   1 Hipóxia Moderada
65  54.3    2      1 51.8      31.5     79.0   4    Hipóxia Grave
66  30.9    2      1 51.8       7.3     84.0   4 Hipóxia Moderada
67  45.6    3      1 58.8       3.0     86.0   2 Hipóxia Moderada
68  36.8    2      1 53.9      93.5     86.0   2 Hipóxia Moderada
69  48.9    2      1 46.9       3.5     85.0   3 Hipóxia Moderada
70  38.3    2      1 50.1      10.1     87.0   3 Hipóxia Moderada
71  44.6    2      1 45.0       0.3     85.0   1 Hipóxia Moderada
72  48.9    2      1 52.9       7.5     84.0   2 Hipóxia Moderada
73  38.4    2      1 47.0      15.4     86.0   4 Hipóxia Moderada
74  47.9    2      1 48.4       9.0     75.0   3    Hipóxia Grave
75  42.9    2      1 44.8       0.2     88.0   2 Hipóxia Moderada
76  50.6    1      1 45.4       0.3     87.0   2 Hipóxia Moderada
77  38.6    2      1 55.7       4.2     84.0   4 Hipóxia Moderada
78  51.4    2      1 54.3      13.3     71.0   2    Hipóxia Grave
79  55.3    2      1 41.3      46.5     76.0   3    Hipóxia Grave
80  47.4    1      1 52.2       0.0     91.0   1  Hipóxia Ligeira
81  42.2    2      1 48.2      86.6     55.0   4    Hipóxia Grave
82  42.6    2      1 36.4       0.4     88.0   3 Hipóxia Moderada
83  56.1    2      1 38.8      10.0     74.0   4    Hipóxia Grave
84  58.8    2      1 45.8       6.1     74.0   4    Hipóxia Grave
85  32.6    2      1 47.9       8.8     86.0  NA Hipóxia Moderada
86  51.2    2      1 32.2      38.1     82.0   2 Hipóxia Moderada
87  41.9    1      1 38.1      23.9     84.0   2 Hipóxia Moderada
88  51.4    2      1 44.6      24.8     64.0   4    Hipóxia Grave
89  55.5    2      1 46.0       0.0     90.0   1  Hipóxia Ligeira
90  48.8    2      1 44.5      24.4     68.0   4    Hipóxia Grave
91  57.5    2      1 43.5       0.4     88.0   2 Hipóxia Moderada
92  50.3    1      1 42.2       2.6     85.0   1 Hipóxia Moderada
93  62.9    2      1 38.3      40.9     77.0   4    Hipóxia Grave
94  27.2    1      1 65.1       8.7     86.0   4 Hipóxia Moderada
95  60.8    1      1 47.7      14.0     83.0   2 Hipóxia Moderada
96  46.0    1      1 42.1       0.1     90.0   2  Hipóxia Ligeira
97  62.0    2      1 44.4      39.0     66.0   4    Hipóxia Grave
98  29.0    2      1 43.9       1.1     81.0   2 Hipóxia Moderada
99  52.9    2      1 47.0      39.2     60.0   4    Hipóxia Grave
100 50.5    2      1 46.4       5.0     81.0   3 Hipóxia Moderada
101 51.6    2      1 45.4      12.5     85.0   4 Hipóxia Moderada
102 43.1    2      1 52.1       5.2     77.0   2    Hipóxia Grave
103 56.8    3      1 56.8       6.3     77.0   3    Hipóxia Grave
104 42.1    3      1 47.7       0.0     91.0   3  Hipóxia Ligeira
105 53.1    2      1 44.1      57.4     63.0   4    Hipóxia Grave
106 52.6    2      1 44.4      18.8     80.0   4 Hipóxia Moderada
107 47.0    2      1 41.3       0.0     91.0   1  Hipóxia Ligeira
108 36.3    2      1 55.4       0.0     90.0   1  Hipóxia Ligeira
109 44.9    2      1 44.0       0.0     90.0   2  Hipóxia Ligeira
110 53.1    1      1 49.5       6.3     74.0  NA    Hipóxia Grave
111 61.2    2      1 46.6       6.7     85.0   2 Hipóxia Moderada
112 46.2    1      1 47.4       0.0     95.0   2     Insuficiente
113 34.8    2      1 43.9       0.3     86.0   3 Hipóxia Moderada
114 39.5    2      1 52.9      18.1     73.0   3    Hipóxia Grave
115 48.1    2      1 36.1       0.0     91.0   1  Hipóxia Ligeira
116 47.5    2      1 42.7       1.9     81.0   2 Hipóxia Moderada
117 34.4    2      1 42.0      32.2     87.0   3 Hipóxia Moderada
118 31.1    2      1 56.0       6.8     81.0   3 Hipóxia Moderada
119 37.8    2      1 37.6       0.3     87.0   3 Hipóxia Moderada
120 53.4    1      1 44.6       0.5     89.0   1 Hipóxia Moderada
121 41.9    2      1 47.3       3.5     82.0   3 Hipóxia Moderada
122 33.1    2      1 42.5       0.0     93.0   1  Hipóxia Ligeira
123 61.2    2      1 41.5       8.3     73.0   4    Hipóxia Grave
124 59.1    2      1 46.8       9.4     74.0   3    Hipóxia Grave
125 41.1    2      1 41.6       1.3     75.0   3    Hipóxia Grave
126 40.2    2      1 44.8       0.0     91.0   2  Hipóxia Ligeira
127 56.3    2      1 42.9      16.1     81.0   4 Hipóxia Moderada
128 32.5    3      1 39.8      46.0     82.0   1 Hipóxia Moderada
129 55.5    3      1 36.9       1.5     85.0   2 Hipóxia Moderada
130 44.4    2      1 53.8      37.2     83.0   4 Hipóxia Moderada
131 58.1    1      1 37.4       1.0     74.0   2    Hipóxia Grave
132 58.3    2      1 42.2      16.7     83.0   2 Hipóxia Moderada
133 61.6    2      1 37.2      17.8     64.0   4    Hipóxia Grave
134 51.3    1      1 45.4       1.4     88.0   3 Hipóxia Moderada
135 53.1    2      1 45.4       3.9     73.0   2    Hipóxia Grave
136 47.9    1      1 33.1       3.0     76.0   3    Hipóxia Grave
137 28.3    1      1 56.1       0.0     91.0   2  Hipóxia Ligeira
138 59.5    2      1 34.0      12.4     84.0   3 Hipóxia Moderada
139 32.8    2      1 46.4       0.3     84.0   1 Hipóxia Moderada
140 56.3    1      1 49.1       4.7     80.0   3 Hipóxia Moderada
141 60.8    2      1 52.6      18.7     85.0   4 Hipóxia Moderada
142 40.4    2      1 53.5      28.1     58.0   4    Hipóxia Grave
143 28.4    2      1 51.2       0.3     88.0   2 Hipóxia Moderada
144 40.1    1      1 39.7      14.4     77.0   3    Hipóxia Grave
145 37.6    1      1 50.2       0.5     87.0   1 Hipóxia Moderada
146 41.0    2      1 45.1       3.1     90.0   2  Hipóxia Ligeira
147 34.3    1      1 50.4       0.0     91.0   3  Hipóxia Ligeira
148 37.7    1      1 48.8       5.0     85.0   4 Hipóxia Moderada
149 44.8    2      1 37.2       6.0     88.0   1 Hipóxia Moderada
150 47.3    1      1 48.2      72.6     68.0   4    Hipóxia Grave
151 42.5    2      1 57.5       2.7     86.0   4 Hipóxia Moderada
152 49.3    2      1 35.9       1.4     84.0   2 Hipóxia Moderada
153 64.8    1      1 48.2       3.4     68.0   2    Hipóxia Grave
154 29.6    2      1 50.0       0.6     85.0   2 Hipóxia Moderada
155 57.3    2      1 60.1      32.8     69.0   4    Hipóxia Grave
156 34.5    2      1 40.2       2.4     85.0   2 Hipóxia Moderada
157 43.4    2      1 38.4       4.5     77.0   2    Hipóxia Grave
158 30.8    2      1 52.8       0.4     88.0   3 Hipóxia Moderada
159 48.9    2      1 58.6      99.6     50.0   3    Hipóxia Grave
160 52.7    2      1 40.5       2.2     86.0   2 Hipóxia Moderada
161 33.9    1      1 48.2       3.0     89.0   3 Hipóxia Moderada
162 52.9    2      1 58.1       5.4     70.0   4    Hipóxia Grave
163 41.8    1      1 44.9       5.2     75.0   2    Hipóxia Grave
164 53.7    2      1 52.5      55.0     61.0   4    Hipóxia Grave
165 44.9    3      1 49.4      11.8     87.0   1 Hipóxia Moderada
166 53.5    2      1 35.8       9.2     78.0   4    Hipóxia Grave
167 56.0    2      1 37.6      31.5     82.0   2 Hipóxia Moderada
168 49.1    1      1 50.2      19.9     77.0   4    Hipóxia Grave
169 50.6    1      1 49.9       1.1     79.0   2    Hipóxia Grave
170 53.8    2      1 38.9       0.5     88.0   2 Hipóxia Moderada
171 63.1    2      1 48.3      91.0     81.0   2 Hipóxia Moderada
172 28.3    2      1 50.6       0.3     87.0   3 Hipóxia Moderada
173 64.4    2      1 40.0       9.1     76.0   4    Hipóxia Grave
174 39.3    2      1 39.4       0.0     91.0   3  Hipóxia Ligeira
175 39.5    2      1 50.6       1.6     81.0   3 Hipóxia Moderada
176 48.6    2      1 39.8       2.1     83.0   4 Hipóxia Moderada
177 52.2    1      1 44.2       6.5     77.0   3    Hipóxia Grave
178 46.3    2      1 37.4       0.7     89.0   3 Hipóxia Moderada
179 60.3    2      1 39.8      38.3     72.0   2    Hipóxia Grave
180 54.0    2      1 34.9      17.7     81.0   2 Hipóxia Moderada
181 40.1    2      1 42.3      42.0     84.0   4 Hipóxia Moderada
182 50.2    1      1 45.0       0.9     85.0   2 Hipóxia Moderada
183 39.0    2      1 47.3       0.8     84.0   3 Hipóxia Moderada
184 56.9    2      1 56.8      11.5     83.0   1 Hipóxia Moderada
185 59.9    2      1 51.7      15.0     81.0   2 Hipóxia Moderada
186 49.0    1      1 49.2      11.0     66.0   4    Hipóxia Grave
187 56.5    1      1 65.3      63.4     51.0   4    Hipóxia Grave
188 33.6    2      1 57.7       2.2     81.0   2 Hipóxia Moderada
189 32.6    1      1 48.6       3.8     86.0   2 Hipóxia Moderada
190 28.4    2      1 54.3       0.7     86.0   2 Hipóxia Moderada

nrow(hypoxia_adult2 |> filter(min_sao_class == "Hipóxia Ligeira"))

[1] 23

nrow(hypoxia_adult2 |> filter(min_sao_class == "Hipóxia Moderada"))

[1] 99

nrow(hypoxia_adult2 |> filter(min_sao_class == "Hipóxia Grave"))

[1] 66

1.7 Exercicio M3.5

Criar novo objeto hypoxia_final com: Nova variável media - Calcular a média de bmi (remover NA!) Nova variével desvio_padrao - Calcular desvio-padrão do BMI

Isto deve ser calculada por cada classe de min_sao_class

hypoxia_final <- hypoxia_adult2 |> 
  summarise(
    media = mean(bmi,na.rm = T),
    desvio_padrao= sd(bmi,na.rm = T),
    .by = min_sao_class
  )

hypoxia_final

     min_sao_class    media desvio_padrao
1  Hipóxia Ligeira 43.87826      6.224947
2    Hipóxia Grave 48.56970      8.111226
3     Insuficiente 52.50000      7.212489
4 Hipóxia Moderada 46.05253      7.563005

1.8 Exercicio M3.6

O dataset survival_hypoxia tem dados dos mesmos doentes do dataset hypoxia. Junta os dois datasets e calcula a média do time_survival pelas variáveis female e diabetes.

survival_hypoxia <- import("datasets/hypoxia/survival_hypoxia.csv")

survival_hypoxia_full <-left_join(survival_hypoxia, hypoxia, by = join_by(patient_id))

survival_time <- survival_hypoxia_full |> 
  clean_names() |> 
  drop_na(female, diabetes) |> 
  summarise(
    media = mean(time_survival,na.rm = T),
    .by = c(female, diabetes)
  )

survival_time

  female diabetes    media
1      1        0 409.4044
2      1        1 400.6308
3      0        1 388.7500
4      0        0 384.7292

sum(survival_time$media)

[1] 1583.514

2 Validation - NÃO ALTERAR

[1] ":) DataFrame 'hypoxia' criado com sucesso"

[1] ":) DataFrame 'hypoxia' criado com sucesso"

[1] ":) DataFrame 'hypoxia_clean' tem as colunas no formato adequado"

[1] ":) DataFrame 'hypoxia_adult' criado com sucesso"

[1] ":) DataFrame 'hypoxia_adult2' criado com sucesso"

[1] ":) DataFrame 'hypoxia_final' criado com sucesso"

[1] ":) DataFrame 'survival_time' criado com sucesso"

Notas de rodapé

1. The Hypoxia MAP dataset was contributed by Dr. Amy Nowacki, Associate Professor, Cleveland Clinic. Please refer to this resource as: Amy S. Nowacki, “Hypoxia MAP Treatment Dataset”, TSHS Resources Portal (2022). Available at https://www.causeweb.org/tshs/hypoxia/.